Nadleśnictwo Kaliska jest typowym nadleśnictwem z przewagą mało zróżnicowanych drzewostanów sosnowych. Taką strukturę wiekową i gatunkową lasy nadleśnictwa Kaliska zawdzięczają przede wszystkim olbrzymiej gradacji strzygoni choinówki (tzw. sówki choinówki) w latach 20 - tych XX wieku. Dzisiaj następstwem tej gradacji są monokultury sosnowe narażone na ataki szkodliwych owadów. Szkodnikami pierwotnymi zagrażającymi terenom Nadleśnictwa Kaliska są: brudnica mniszka, strzygonia choinówka,  boreczniki. Ostatnio szkodnikami zwalczanymi przez nadleśnictwo w roku 2022 roku była brudnica mniszka na powierzchni 8635 ha były brudnica mniszka i w 2023 roku na powierzchni 2623 ha. Ze szkodników wtórnych, które należy monitorować to  przypłaszczek granatek, występujący na terenie drzewostanów sosnowych rosnących na gruntach porolnych. 
Z ważniejszych grzybów pasożytniczych należy wymienić: korzeniowca wieloletniego (huba korzeni), opieńkę miodową, osutkę sosny, rdzę kory sosny (obwar), pasożytniczą zgorzel siewek.

 W celu ustalenia lokalizacji i wysokości szkód wyrządzanych przez grzyby prowadzi się systematyczne kontrole zdrowotności szkółek, upraw i drzewostanów. Duży stan liczebny owadożernych ptaków i pasożytniczych owadów jest jednym z ważniejszych czynników hamujących rozwój gradacji szkodliwych owadów leśnych. Jako gospodarze terenu zapewniamy im najkorzystniejsze warunki bytowania i rozrodu. Chronimy wszelkie ssaki owadożerne (ryjówki, nietoperze), ptaki, płazy, gady i pożyteczne owady.

Stosowanym przez kaliskich leśników, najbardziej racjonalnym sposobem ochrony przed szkodami od zwierzyny jest metoda biologiczna polegająca na:
- utrzymaniu liczebności zwierzyny w ilości odpowiadającej możliwościom    wyżywieniowym danego biotypu, przy    zachowaniu naturalnej struktury wiekowej i płciowej,
- poprawie warunków bytowych zwierzyny,   a zwłaszcza ograniczeniu niepokoju w   biotopie,
- ochronie ostoi zwierzyny oraz   zapewnieniu właściwej bazy pokarmowej,   zwłaszcza w zimie.
Ochrona przed szkodami powodowanymi przez czynniki atmosferyczne:
- właściwie dobrane kierunki cięć zrębów zupełnych, umiejętne    prowadzenie cięć częściowych i gniazdowych,
- ostrożniejsze i częstsze zabiegi pielęgnacyjne wykonywane na    początku okresu wegetatywnego oraz dążenie, poprzez    odpowiednie prowadzenie cięć i zabiegów pielęgnacyjno - hodowlanych, do wytworzenia ścian wiatrochronnych i odporności    drzewostanów na niekorzystne warunki atmosferyczne.